根据永嘉县审计局的主要职责，县审计局设以下科、室和中心。
（一）办公室
处理局机关日常政务，负责有关重要会议的组织和有关报告文件以及审计机关管理制度的起草；编制审计工作规划，安排年度审计项目计划；划分局机关的审计范围 ，协调各业务科室的审计事项 ；承担宣传、信息、机关文电处理、保密、信访、档案、统计、计算机管理、行政后勤等项事务；负责局机关人事、劳动工资、专业技术职称考评、目标考核和审计纪律等工作；负责教育培训、廉政建设和精神文明工作。
负责组织审计机关审计执法、质量检查及社会审计组织审计业务质量的监督检查；审核、复核局机关的审计报告、审计意见书、审计决定以及有关审计业务文书；负责审计行政诉讼工作；组织实施审计普法教育；负责指导和监督内部审计业务，联系内审协会。
( 二 ) 经济责任审计科
负责组织实施全县县管党政领导干部和国有企业领导人员经 济责任审计；指导内部审计部门开展经济责任审计业务；承担县经济责任审计联席会议办公室的日常工作；开展专项审计和审计调查。负责经贸、交通、粮食部门及其下属单位的财务收支审计；受委托负责在永的中央、省、市属企业资产、负债和损益的审计监督；对全县重点固有企业资产、负债和损益情况进行审计监督；开展专项审计和审计调查；指导全县国有企业的内部审计业务。
( 三 ) 财政金融审计科
制订县级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；审计县级预算执行情况、县地方税务局系统税收征收征管情况、乡( 镇 ) 人民政府预算执行情况和决算；负责县财政局、县地税局等部门及其下属单位的财政财务收支审计；负责起草预算执行审计的有关报告；开展专项审计和审计调查。
承担审计署、省审计厅、市审计局授权的金融、保险机构和非银行金融机构及分支机构的财务收支、资产、负债和损益情况审计事项； 负责县属的金融和非银行金融机构的财务收支审计。
( 四 ) 行政事业审计科
负责与县级财政有拨款关系的县人大机关、县政协机关、县法院、县检察院和党政组织、社会团体的财务收支审计；负责县政府机关部门和直属事业单位及其下属单位的财务收支审计；审计由县政府主管部门管理和受县政府委托由社会团体管理的农、林、水利、国土资源、环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。
( 五 ) 基建外资审计科
负责规划建设部门及其下属事业单位的财务收支审计；对县重点建设项目的预算执行和决算情况进行审计监督；负责对固有施工企业、城建、房地产开发企业及其下属单位的财务收支审计；开展专项审计和审计调查；负责国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计。
（六）审计服务中心
履行审计教育培训、审计项目具体实施、审计信息化工作及其他审计服务职能。